Linux交作业显示Eqw,[转载]SGE作业基本用法

ゝ一纸荒年。 2022-10-18 00:49 77阅读 0赞

SGE怎样工作：

1. 接受用户投放的任务

2. 在任务运行以前，将任务放到一个存储区域

3. 发送任务到一个执行设备，并监控任务的运行

4. 运行结束写回结果并记录运行日志

常用的SGE命令：

1. 投递任务到指定队列all.q

方法一： qsub

\-cwd -l vf=\*G -q all.q \*.sh

方法二： qsub

\-cwd -S /bin/bash -l vf=\*G -q all.q \*.sh

\-cwd

表示在当前路径下投递，sge的日志会输出到当前路径。

\-l vf=\*G

任务的预估内存，内存估计的值应稍微大于真实的内存，内存预估偏小可能会导致节点跑挂。

\-q

指定要投递到的队列，如果不指定的话，SGE会在用户可使用的队列中选择一个满足要求的队列。

注：

方法一和方法二都可以投递任务到指定队列，但是方法一可能会输出警告信息“Warning: no access to tty (Bad

file descriptor). Thus no job control in this shell.”

这是因为SGE默认使用的是tcsh，而\*.sh使用的是bash，所以应该在投递的时候指明命令解释器。若非要使用方法一的话，可以在脚本\*.sh的开头加上\#$

\-S /bin/bash。

2. 投递任务到指定节点

qsub -cwd

\-l vf=\*G -l h=node1 \*.sh

qsub -cwd

\-l vf=\*G -l h=node1 -P project -q all.q \*.sh

\-P

参数指明任务所属的项目

3. 查询任务

qstat

\-f 查看所有任务

qstat -j

jobId 按任务id查看

qstat -u

user 按用户查看

任务状态：

qw 表示等待状态

Eqw 投递任务出错

r 表示任务正在运行

dr 节点挂了之后，删除任务就会出现这个状态，只有节点重启之后，任务才会消失

4. 删除任务

qdel

\-j 1111 删除任务号为1111的任务

5. 其他命令

qrsh 与qsub相比，是交互式的投递任务，注意参数：

\-now yes|no 默认设置为yes

若设置为yes，立即调度作业，如果没有可用资源，则拒绝作业，任务投递失败，任务状态为Eqw。

若设置为no，调度时如果没有可用资源，则将作业排入队列，等待调度。

例子： qrsh -l vf=\*G -q all.q -now no -w n \*sh

qacct 从集群日志中抽取任意账户信息

qalter

更改已提交但正处于暂挂状态的作业的属性

qconf

为集群和队列配置提供用户界面

qhold

阻止已提交作业的执行

qhost

显示SGE执行主机(即各个计算节点)的状态信息

qlogin

启动telnet或类似的登录会话。

6. bash脚本与Linux环境变量

为了防止脚本运行时找不到环境变量，在投递的bash脚本的前面最好加上以下两句话：

\#!

/bin/bash

\#$ -S

/bin/bash

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