linux退出 putty_Linux基础入门 | 服务器集群使用指南

深藏阁楼爱情的钟 2023-01-02 03:25 60阅读 0赞

![1dd61dcfc254c229ca20a42a30604ab2.png][]

上一次，小编把常用的Linux命令做了分享。但是，在我们进行生物信息学分析时，往往需要在高性能服务器集群上投递任务。这就需要我们掌握基本的集群操作方法。

我们使用高性能服务器集群时，需要通过ssh远程连接，在Windows下有很多软件可以通过ssh连接Linux主机，如Xshell、putty等等……在这里小编推荐Xshell，大家可以使用学校邮箱在官网申请使用教育版。

申请地址：

https://www.netsarang.com/zh/free-for-home-school/

填好信息以后，邮箱会收到一封邮件，点击链接下载Xshell和Xftp，安装软件就行啦！

安装好以后打开软件，点击“新建”，创建一个新的会话。

![f0dc03c8d4bfab538624a871f3ad6355.png][]

在“主机”处输入服务器的IP地址。

![f674960643cd3c26aedf0087ee9dd57b.png][]

点击“用户身份验证”，输入用户名和密码，就可以登录服务器啦！

![7fe8a0a47ce4a0feee3b6a632383f9e2.png][]

***需要注意的是，我们是远程连接服务器，如果你的连接断掉的话，在Xshell里执行的命令是会终止的！！！***

为了避免我们执行的命令由于连接断开而终止，我们在执行命令时可以使用“***nohup*** ”命令。

## 输入命令
    nohup command &
    ## 退出终端
    exit

这样，我们就把任务提交到了后台，重新登录服务器以后，就会看到提交命令的目录下多了一个"nohup.out"文件，运行日志都记录在里面。点击“Xftp”的图标，就可以把输出文件下载到我们的电脑里。

![648ab3fa380f26f30443708b696d7623.png][]

但我们使用的服务器集群大都由登录节点和计算节点组成。登录节点用来执行简单的Linux命令，不能执行消耗资源大的任务，这时我们就需要将任务由登录节点投递至计算节点。在这里，小编教大家如何使用集群管理系统SGE（Sun Grid Engine）投递任务。

***（注意：不同单位的服务器集群管理系统可能不同！系统不同命令也不同！具体可咨询服务器管理员！）***

我们首先使用SGE在登录节点投递任务，SGE接收到任务后会将任务储存至一个指定区域，随后将任务投递至一个计算节点运行，运行结束后将结果返回。这样我们我们在登录节点投递任务后，就可以关掉电脑做其他事，SGE会把我们的任务安排在计算节点里执行。

## 投递任务
    qsub -cwd -l vf=*G,p=n,h=node -q queue *.sh

\-cwd：在当前目录下执行任务，同时，SGE的运行日志也会输出在当前目录

\-l：申请所需的资源。vf=\*G设置任务预计使用的内存大小（一般设置的值要稍微大一些，负责容易让节点挂掉），p=n设置所需的CPU数，h=node设置任务指定投递的节点名称。日常使用时，并不是每次都要设置这三个参数，大家可以根据自己的需要自行删减。

\-q：指定任务要投递到队列名称。

\*.sh：需要投递的任务，建议在脚本前加上完整路径。

输入这条命令，我们的任务就投递到服务器上啦！

任务投递成功后，我们可以使用"***qstat*** "查询任务的状态。

## 查看任务状态
    qstat
    ## 查看指定任务状态
    qstat -j job-ID
    ## 删除任务
    qdel job-ID
    ## 查看计算节点资源状况信息
    qhost

![ee5314190bb58918e646c7b2a688bd15.png][]

job-ID：任务号

state：任务状态。一般会有以下情况，"qw"代表任务在等待执行状态，"r"代表任务正在执行，"s"代表任务暂时挂起，"dr"代表任务所在的计算节点挂了，需要联系管理员重启节点。任务还有其他状态，大家具体遇到时可以查询一下。

queue：任务所在的队列及计算节点。如图所示，代表任务被投递在了"rna"队列的“cu-0029"队列上。

最后再教给大家一个命令"***qhost*** "，使用该命令可以查看计算节点的资源状况，方便我们选择任务投递的队列和节点。

SGE还有非常多的指令，具体需要时，大家可以在网上查询。

参考资料：

SUN Grid Engine

https://www.jianshu.com/p/b7b540a3c015

![fb7d57250879fb8c05257e0e9bdeb812.png][]

[1dd61dcfc254c229ca20a42a30604ab2.png]: /images/20221120/a271b58b02924d8a879ae488d23a175c.png
[f0dc03c8d4bfab538624a871f3ad6355.png]: /images/20221120/8f4bf4b14b8a4b12bc1d30f4d035cc13.png
[f674960643cd3c26aedf0087ee9dd57b.png]: /images/20221120/ec61c10118614cebb48afeb7146f9384.png
[7fe8a0a47ce4a0feee3b6a632383f9e2.png]: /images/20221120/90dde63c334e435a9f7505c10e55d416.png
[648ab3fa380f26f30443708b696d7623.png]: /images/20221120/f5ed12b71efd46c88c1c8cf0a8d5afe1.png
[ee5314190bb58918e646c7b2a688bd15.png]: /images/20221120/acde885fac1547dbaf783c19dea4c12a.png
[fb7d57250879fb8c05257e0e9bdeb812.png]: /images/20221120/e7e94429370a491dae24fd705870a0fb.png