中位数±四分位数表达_R语言|连续性变量转为分类变量，界值可为均数、中位数、上下四分位数，非常方便...

妖狐艹你老母 2023-01-07 14:25 112阅读 0赞

做数据分析时，经常会遇到需要把连续性变量转为分类变量。

一 读入数据

读入TCGA的表达量数据，截取部分数据进行示范

#TCGA的表达量数据#setwd()data data data[1:4,1:4]

![113de48402a4aa3ad0a7956d5e875a0d.png][]

*  row.names=1 ：读入数据的第一列作为行名
 *  check.names=FALSE：标题保持原样

**可以自行试一下，分别去掉这两个参数，然后比较下数据的差异**

二 批量转化

##  ##

#### **1 ifelse转化单一列** ####

#将TCGA-97-7938-01A根据medain转为 高 低data1 data1[,"ENSG00000000003.13"]  median(data1[,"ENSG00000000003.13"]),"High","Low")data1[1:4,1:4]

![0185f8f41c5c590c45bff502b9c3a9d4.png][]

可以看到ENSG00000000003.13基因的表达量已经转为高 低 二分类了。

##### **分段阈值：还可以是均值，四分卫，10%，或者具体数值** #####

#按照均值分data1[,"ENSG00000000460.15"]  mean(data1[,"ENSG00000000460.15"]),"High","Low")#按照75%分data1[,"ENSG00000000419.11"]  quantile(data1[,"ENSG00000000419.11"],0.75),"High","Low")#按照具体数值分data1[,"ENSG00000000457.12"]  10,"High","Low")data1[1:4,1:4]

![385bb7eca66fcf8eff10f78c1c42d4ae.png][]

#### **2 批量转化** ####

当列数较少时，可以按照上述方式，一个个完后分类。当太多时，需要批量完成！

#使用apply，批量完成转化data2 data2 = median(x), "hign", "low")})head(data2)

![9988d82d1f6074546bd38cb3a3f7c89a.png][]

批量已完成，省时省力！

#### **3 for循环完成** ####

data3 datafor (i in colnames(data3)){
           data3[,i] data3[,i] >= median(}

![7dcf58a436a3c41fe854b771d8bf0b47.png][]

实现方式很多，根据个人习惯，自取！

![156efdbdcc90a027fd2fc429272b80a3.gif][]

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