影像组学Python包 pyradiomics 保姆级教程

男娘i 2023-01-11 13:11 546阅读 0赞

最近帮我哥装pyradiomics，但是遇到的问题实在太多了，我决定出个教程，从头解决到尾。

# 第一步：安装Python #

为什么要强调这个呢，因为在整个过程中，涉及到一个叫做“环境变量”的东西，如果Python安装的时候没有勾选那个勾，那么Python就不会被添加到系统环境变量里去，导致插件安装不成功。安装的时候**一定记得选这个“Add Python 3.9 to PATH”**，选完之后安装过程会自动添加到系统环境变量里去。

另外，Install Now是默认安装，会直接帮你装在C盘。Customize installation是自定义安装，包括可勾选的一些安装部分，和自定义安装路径。在本教程的区别在于，**如果选择默认安装，安装成功的setup successful界面最底下会有个申请管理员权限的警告，一定要记得点击那个警告，授予权限，否则添加环境变量仍然会失败**  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L0FsZXhfMTk5Ng_size_16_color_FFFFFF_t_70_pic_center]  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L0FsZXhfMTk5Ng_size_16_color_FFFFFF_t_70_pic_center 1]

如果你忘了勾选，在后面的插件安装过程里就会出现这样的报错：“**python或 pip’不是内部或外部命令**”

自己手动添加环境变量是可以的，但是我试了很多都不成功，最简单直接的办法就是重装~

正确安装之后，在cmd中输入pip回车，会弹出相关信息无报错；  
再输入python回车，会出现python版本信息，此时python已经正确添加到系统环境变量中。（测试完之后记得关掉cmd，因为此时进入了python环境，但是后续的安装是在cmd环境中完成的）  
另外，**win10环境下，cmd指令可以复制粘贴**，这个很省事  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L0FsZXhfMTk5Ng_size_16_color_FFFFFF_t_70_pic_center 2]

# 第二步：PIP换源 #

Python3.4以上自带pip，如果没有，**建议重装Python**~

在用pip安装插件的时候，需要用到网络下载，但是直连会非常的慢，我在安装的时候甚至是20kb/s的速度，导致timeout超时报错。这个时候就需要用到国内镜像。可以把国内镜像当做原始库的复制版。用得比较多的就是清华的镜像。

流程是这样的，win+R键（或者win10 任务栏搜索运行，点击）  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L0FsZXhfMTk5Ng_size_16_color_FFFFFF_t_70_pic_center 3]  
输入%HOMEPATH%，打开系统用户文件夹  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L0FsZXhfMTk5Ng_size_16_color_FFFFFF_t_70_pic_center 4]  
在用户系统文件夹中建立一个pip文件夹。  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L0FsZXhfMTk5Ng_size_16_color_FFFFFF_t_70_pic_center 5]  
在pip文件夹里建立一个txt文档，里面粘贴如下代码

[global]
    index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

保存退出，并将txt文档名改为pip.ini。  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L0FsZXhfMTk5Ng_size_16_color_FFFFFF_t_70_pic_center 6]

# 第三步：pyradiomics包下载和C++ 14.0安装 #

GitHub下载太慢了，当然你也可以用fast插件，我这里提供一个云盘链接。  
链接:https://pan.baidu.com/s/1rr4OHSM-8Pn\_9RyvMxc3RA  
提取码:q58b

下载之后解压，解压路径最好在盘符目录下全英文，因为这样后面输入地址会比较短。当然我也不知道有中文会不会报错。比如这样  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L0FsZXhfMTk5Ng_size_16_color_FFFFFF_t_70_pic_center 7]  
**在后面的安装过程中，还需要C++ 14.0库的支持，上面的云盘链接里也一并包含，可以下载后自行安装。但是，C++ 14.0需要.net framework 4.5以上的支持，这个可以自行去微软官网下载安装。**

# 第四步：安装pyradiomics #

1.  调出cmd，进入pyradiomics的文件路径。键入“cd /d 你自己的pyradiomics路径”，注意空格，然后回车。参考如图  
    ![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L0FsZXhfMTk5Ng_size_16_color_FFFFFF_t_70_pic_center 8]
2.  输入python -m pip install -r requirements.txt，回车。此条指令会执行依赖下载，可以理解成插件运行所必要的一些内容。之前pip换源会让下载变快，下载完之后会自动执行安装，最后弹出Successfully字样表示依赖下载成功，
3.  输入python setup.py install，回车。此条指令运行会比上一条久一些，弹出很多内容，但是都不用管。
4.  打开Python，输入import radiomics，不报错则表示成功。当然，你也可以进入Python路径下的Lib\\site-packages，检查是否有对应的包  
    ![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L0FsZXhfMTk5Ng_size_16_color_FFFFFF_t_70_pic_center 9]  
    最后强调：**如果安装过程出现Error，则说明安装失败，有报错，需要解决对应问题**。

本文参考：  
https://blog.csdn.net/qq\_36667170/article/details/79275605  
https://blog.csdn.net/yuzaipiaofei/article/details/80891108  
https://blog.csdn.net/JianJuly/article/details/79017168

[watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L0FsZXhfMTk5Ng_size_16_color_FFFFFF_t_70_pic_center]: /images/20221119/4250a35d79b5493880db8c0cbbf8a2f0.png
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