DNA序列（DNA Consensus String)-蒲公英云

DNA序列（DNA Consensus String)

野性酷女 2023-03-06 05:23 122阅读 0赞

输入m个长度为n的DNA序列，求一个DNA序列，到所有序列的总的Hamming距离尽量小，两个等长字符串的Hamming距离等于字符不同的位置个数，例如，ACGT和GCGA的Hamming距离为2（左数第1，4个字符不同）。
输入整数m和n（4<=m<=50,4<=n<=1000）,以及m个长度为m的DNA序列（只包含字母A,C,G,T），输出到m个序列的Hamming距离和最小的DNA序列和对应的距离。如有多解，要求为字典序最小的解。例如，对于下面5个DNA序列，最优解为TAAGCTAC。
TATGATAC
TAAGCTAC
AAAGATCC
TGAGATAC
TAAGATGT

#include<stdio.h>
#include<string.h>
int a[55][55];  //防止程序异常退出
int main() 
{ 
    int n,m;
    char s[55][1005];
    memset(a,0,sizeof(a));
    scanf("%d%d",&n,&m);
    for(int i = 1;i <= n;i++)
    { 
        scanf("%s",s[i]);
    }
    //计算Hamming值，
    for(int i = 1;i <= n;i++)
    { 
        for(int j = 1;j <= n;j++)
      { 
            if(j < i)
           { 
                a[i][j] = a[j][i];
            }
           else if(j > i)
            { 
                for(int k = 0;s[i][k] != '\0';k++)
            { 
                    if(s[i][k] != s[j][k]) 
                    { 
                  a[i][j]++;
                      }
                }
            }
        }
    }
    //统计Hamming
    for(int i = 1;i <= n;i++)
    { 
        for(int j = 1;j <= n;j++)
        { 
              a[i][n+1] += a[i][j];
        }  
    } 
    //找到Hamming最小值的那个DNA序列
    int min = 1;
    for(int i = 2;i <= n;i++)
    { 
        if(a[i][n+1] < a[min][n+1])//值小则替换更新
      { 
            min = i;
        }
      else if(a[i][n+1] == a[min][n+1])//值相等则取字典序较小的
        { 
            if(strcmp(s[i],s[min]) < 0) 
           { 
            min = i;
           }
        }
    }
    printf("%s\n",s[min]);
    return 0;
}