R包国内镜像设置

红太狼 2023-06-26 10:43 5阅读 0赞

## 命令行设置R更新源 ##

创建文件 R.home()/etc/Rprofile.site

![watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly96eWM4OC5ibG9nLmNzZG4ubmV0_size_16_color_FFFFFF_t_70][]  
设置更新源

local({r <- getOption("repos")
           r["CRAN"] <- "http://mirrors.aliyun.com/CRAN/"
           r["CRANextra"] <- "http://mirrors.aliyun.com/CRAN/"
           options(repos=r)})

注意 $Rhome 可能是 /usr/local/lib64/R 或者 /usr/lib64/R

### 常用镜像地址 ###

<table> 
 <thead> 
  <tr> 
   <th>Name</th> 
   <th>URL</th> 
   <th>host</th> 
   <th>type</th> 
  </tr> 
 </thead> 
 <tbody> 
  <tr> 
   <td>China (Anhui) [https]</td> 
   <td><a href="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/" rel="nofollow">https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/</a></td> 
   <td>中科大</td> 
   <td>CRAN_mirror</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>China (Anhui)</td> 
   <td><a href="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/" rel="nofollow">http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/</a></td> 
   <td>中科大</td> 
   <td>CRAN_mirror</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>China (Beijing) [https]</td> 
   <td><a href="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" rel="nofollow">https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/</a></td> 
   <td>清华</td> 
   <td>BioC_mirror</td> 
  </tr> 
  <tr> 
   <td>China (Beijing)</td> 
   <td><a href="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" rel="nofollow">http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/</a></td> 
   <td>清华</td> 
   <td>BioC_mirror</td> 
  </tr> 
 </tbody> 
</table>

## rstudio设置更新 ##

修改文件 $Rhome/doc/CRAN\_mirrors.csv

Name,Country,City,URL,Host,Maintainer,OK,CountryCode
    "Aliyun",China,HangZhou,http://mirrors.aliyun.com/CRAN/,"阿里云代理","admin # Xdmc.org",1,cn
    ...

之后在rstudio中，断网可以选择该代理。  
更准确的是，打不开http://cran.r-project.org/CRAN\_mirrors.csv的时候可选。  
该方法从函数chooseCRANmirror的代码看到

## 修改Rstudio的默认配置 ##

见下图

![format_png][]

### 本地安装源码包 ###

install.packages("path/to/pkg/package_name.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

## R包相关操作 ##

# 查看R包安装位置
    .libPaths()
    
    # 查看已安装的包
    installed.packages()
    
    # 查看包版本
    packageVersion("package_name")
    
    # 更新包
    update.packages("package_name")
    
    # 加载包
    library("package_name")
    require("package_name")
    
    # 查看加载的包
    .packages()
    
    # 移除已加载的包（将包从R运行环境中移除）
    detach("package_name")
    
    # 彻底删除已安装的包：
    remove.packages("package_name", lib = file.path("path/to/library"))

### CRAN镜像下载安装包 ###

# 从CRAN镜像下载安装包
    install.packages(pkgs, repos = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
    
    # 从BioC镜像安装包
    biocLite(pkg, siteRepos = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

### 常用函数 ###

# 查看当前镜像地址
    getOption("repos")
    
    # 查看R_HOME地址
    R.home()
    
    R_HOME/doc/CRAN_mirrors.csv
    R_HOME/doc/BioC_mirrors.csv

### 将镜像添加到配置文件 ###

Bioconductor 镜像源配置文件之一是 `.Rprofile` (linux 下位于 `~/.Rprofile` )。

在文末添加如下语句:

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

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