生信分析01 名词扫盲

系统管理员 2023-08-17 16:42 99阅读 0赞

**1.高通量测序：**

高通量测序技术的应用

转录组测序（RNA-Seq）：研究细胞表现和功能；

甲基化测序：表观遗传学标记信息；

外显子组测序（Exome-Seq）：研究定向富集的DNA；

染色质免疫沉淀-深度测序（ChIP-seq）；

基因组测序；

数字基因表达谱分析；

序列捕获（Sequence Capture）技术：结合了芯片和深度测序, 利用芯片探针捕获待测片段, 再用深度测序技术分析核酸序列。

# FASTQ格式说明 #

### illumina下fastq文件命名 ###

FASTQ文件在Illumina下通常会被命名为  
**SampleName\_S1\_L001\_R1\_001.fastq.gz**  
比如 NTC\_S11\_L001\_R1\_001.fastq.gz  
**其被下划线\_分为了五个部分：**  
第一部分：SampleName，样本名，与上机时在Sample Sheet中填写的一致  
第二部分：S1，S\*\*\*，S后跟的数字与样本在Sample Sheet中的顺序一致，从1开始。不能分配到确定样本的read会归到S0（Undetermined\_S0）  
第三部分：L00\*，泳道lane的编号  
第四部分：R\*，R1表示read1，R2表示read2。R1和R2为paired end reads。同一个样本的配对的FASTQ，只有这个地方不同  
第五部分：001，通常为001

参考：

高通量测序：[https://baijiahao.baidu.com/s?id=1612934763948082306&wfr=spider&for=pc][https_baijiahao.baidu.com_s_id_1612934763948082306_wfr_spider_for_pc]

fastq：[https://www.jianshu.com/p/a234decbe4f6][https_www.jianshu.com_p_a234decbe4f6]

[https_baijiahao.baidu.com_s_id_1612934763948082306_wfr_spider_for_pc]: https://baijiahao.baidu.com/s?id=1612934763948082306&wfr=spider&for=pc
[https_www.jianshu.com_p_a234decbe4f6]: https://www.jianshu.com/p/a234decbe4f6

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