安装R包的方法

今天药忘吃喽~ 2024-03-23 11:07 185阅读 0赞

一、CRAN安装

对于大多数R包或可以在R官网上查询到的包，都可以直接进行安装。

  1. 直接利用代码安装
    install packages("R包的名称")

  2. 从R—packages界面搜索安装 输入R包名称，检索，点击“Install”进行安装，待安装进度走完，会显示安装成功。90fa57f596b3460da789bfce817bb13f.png

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二、Bioconductor安装

  1. if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

三、Github安装

利用devtools包中的“install_github()”函数进行安装。

  1. library(devtools)
  2. install_github("schymane/ReSOLUTION")

四、手动安装

对于一些比较难安装的包，或者报错的包我们可以选择手动安装,这里演示两个典型例子

1 BiocManager::install(“org.Hs.eg.db”)

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比如这个包，我们从错误给的地址手动下载安装包

  1. https://bioconductor.org/packages/3.13/data/annotation/src/contrib/org.Hs.eg.db_3.13.0.tar.gz

然后手动安装上去

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  1. install.packages("~/R/org.Hs.eg.db_3.13.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

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  1. 2 devtools::install_github("iaconogi/bigSCale2")

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根据这个地址下载安装包，然后手动安装，如果安装不成功，看报错提示，如果是一些依赖没安装，把这些依赖安装上之后，再重新安装最开始的包就行了

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