Schrodinger分子动力模拟软件与UltraLAB建模工作站配置探讨

灰太狼 2023-06-12 09:48 21阅读 0赞

**Schrodinger 2018-1**是Schrodinger软件的最新版本，也是目前计算化学领域的领导者，能够为生命科学和材料研究提供软件解决方案和服务。该软件并不是独立，而是一个软件合集包，由maestro、maesrto elements、materials science、bioluminate、knime、canvas、mmshare、aacg、Glide、Impact、Jaguar等软件组合而成，是目前非常专业优秀的分子建模，药物设计和材料科学软件。  
全新Schrodinger 2018-1软件功能更加强大，对Maestro图形界面、FEP +、分子动力学、AutoQSAR、工作流程和流水线进行了更新和升级，比如通过改进的属性树来轻松控制项目表中的显示属性，可以指定原子标签的小数精度，可以在界面中指定自定义热区，能够将FEP +结果导出到Excel工作簿中以供进一步分析，新的Bioisoster替代节点，改进了Windows上许多面板的响应能力等等，可以大幅度的提高用户的工作效率。

*  药物发现：包含从头设计、虚拟筛选、等级顺序化合物、结构细化和准备、可视化和工作流程、生物制剂建模等，
 *  材料科学：原子级仿真可以帮助您在开始合成和测试之前确定最有前途的结构和成分，从而可以加快新材料的开发。从有机电子产品到特种化学品再到聚合物制造。
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    Schrodinger Desmond高性能分子动力学模拟，Desmond结合了速度和准确性，可以进行长时间的分子动力学模拟，从而使用户可以检查具有重要生物学和药学意义的事件。Desmond与Maestro无缝集成，可提供全面的设置，仿真和分析工具，支持GPU加速。FEP +用于药物发现的高性能自由能计算FEP +结合了非常精确的力场（OPLS3e）和改进的采样算法，这些采样算法利用GPU的高性能提供了前所未有的精度来提供结合自由能，为启用结构的药物发现项目提供了重要价值。DeepChem是一个python库，可提供高质量的开源工具链，用于在药物发现，材料科学，量子化学和生物学方面进行深度学习。

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Schrodinger软件系统与硬件配置要求  
  
（1）高性能分子动力模拟超算GPU卡要求  
A1 服务器级可选：Tesla 系列（K80，M40，M60，P40，P100、V100、T4）  
A2工作站级可选：Quadro P5000、RTX5000

**GPU卡技术参数：**

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（2）分子建模与可视化分析配置要求  
显示设备：nvidia 3D Vision（四缓冲、OpenGL硬件立体显示）、Zalman 3D 显示器，100Hz刷新率  
图形APP:支持OpenGL2.1或更高  
  
（3）支持操作系统  
RedHat企业版（RHEL） 6.8-6.10 7.4-7.6  
Centos 6.8-6.10 7.4-7.6  
Ubuntu 16.04 LTS 18.04 LTS  
SUSE SLES/SLED 15, SLES/SLED 12SP4  
  
（4）支持GPU加速的Schrodinger软件包  
Desmond MD---高性能分子动力模拟  
FEP+ ---用于药物发现高性能自由能计算  
WaterMAP ---配体优化的新范式  
GPU Shape ---形状筛分（快速高效的基于形状的叠加和相似度搜索工具）  
AutoQSAR/DeepChem ---适用于大数据应用的可扩展，直观，深度学习的QSAR模型

Schrodinger 分子动力模拟软件与建模图形工作站硬件配置推荐

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UltraLAB工作站针对Schrodinger Desmond（分子动力模拟） GPU并行计算配备最新图卡或计算卡，同时整机系统的优化，MD仿真的运行速度比CPU快200倍，另外UltraLAB极速工作站配备最新nvidia 图灵架构专业图卡，加速复杂的立体是分子建模与分析。

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