Seurat V3.0

分手后的思念是犯贱 2021-11-23 20:52 158阅读 0赞

最新版3.0已经发布了，有重大更新，以前的许多API也不支持了。

April 16, 2019 Version 3.0 released

November 2, 2018 Version 3.0 alpha released

Preprint published describing new methods for identifying ‘anchors’ across single-cell datasets

最大的更新就是多数据集的整合，还有就是不同平台数据的整合。

[https://satijalab.org/seurat/][https_satijalab.org_seurat]

*  Improved and expanded methods for single-cell integration
 *  Improved methods for normalization.
 *  An efficiently restructured Seurat object, with an emphasis on multi-modal data.

说说我的对新版的体验：

1. 精简了流程，删除了没必要的细节。

[Guided Analyses][]

从raw count数据，到seurat对象，到过滤，整合，聚类，只需要短短不过十行命令。

2. 数据结构改了，之前的对象都找不到了，得适应新的数据结构。

先看下这篇教程：[Tutorial: Integrating stimulated vs. control PBMC datasets to learn cell-type specific responses][Tutorial_ Integrating stimulated vs. control PBMC datasets to learn cell-type specific responses]

这篇教程的主要目的是整合两组不同的数据，比如case-control的样本。

转载于:https://www.cnblogs.com/leezx/p/11194523.html

[https_satijalab.org_seurat]: https://satijalab.org/seurat/
[Guided Analyses]: https://satijalab.org/seurat/vignettes.html
[Tutorial_ Integrating stimulated vs. control PBMC datasets to learn cell-type specific responses]: https://satijalab.org/seurat/v3.0/immune_alignment.html

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